Dataset for nucleotide sequence P of genotype H
[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]
10 20 30 40 50 60 70 80 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ************* ** ** **** *** * **** ****** ******************* ************** ATGCCCCTATCCTATCAACACTTCCGGAGACTACTGTTgTTAGACAACGAGGCAGGGCCCCTAGAAGAAGAACTCCCTCG g c ga t tg tg a c g 90 100 110 120 130 140 150 160 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ****************** **** ********* ********* ******* ***** * ********* ** ******* CCTCGCAGACGAAGATCTCAATCaCCGCGTCGCAGAAGATCTCAATCTCCAGCTTCCCAATGTTAGTATTCCTTGGACTC a t c c t a g c g g 170 180 190 200 210 220 230 240 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ************* ***************** ****** ********* ******** *** ******* ********* ATAAGGTGGGAAACTTTACCGGTCTTTACTCCTCTACTgTACCTGTTTTCAATCCTGACTGGtTAACTCCTTCTTTTCCT t t ac t t c c r 250 260 270 280 290 300 310 320 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ******* * ********* ******* ******** ******** ************ ****** **** **** GACATTCAcTTGCATCAAGATcTGATACAAAAATGTGAACAATTTGTaGGCCCACTCACTAcAAATGAAaGGAGACGATT a tc a t g g gc ac gt a c 330 340 350 360 370 380 390 400 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| **** * *********** ** ************* ** ***** ** ******************** ** ** **** GAAAcTaATTATGCCAGCTAGGTTTTATCCCAAAGtTACtAAATAcTTCCCTTTGGATAAAGGTATTAAgCCtTACTATC t g a a ca c t t a a t a g g 410 420 430 440 450 460 470 480 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ***** ******** ********** *** * * *** ***** ****** *********** **** ************ CAGAGAATGTGGTTAATCATTACTTtAAAACTAGACAtTATTTACATACTTTGTGGAAGGCAGGAATTCTATATAAGAGA c g c g g c c g c a c a 490 500 510 520 530 540 550 560 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ******************************************* ********* ************* ********** * GAATCCACACATAGCGCCTCATTTTGTGGGTCACCATATTCCTGGGAACAAGAGCTACAGCATGGGAGCACCTCTCTCaA k a t c 570 580 590 600 610 620 630 640 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| **** ******** *********** ** ***************************** *************** ***** CGGCGAGAAGGGGCATGGGACAGAAtCTTTCTGTGCCCAATCCTCTGGGATTCTTTCCAGACCACCAGTTGGATCCACTA r y c c m v y g 650 660 670 680 690 700 710 720 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ******** ***************** *************** ************** *** **************** TTCAGAGCAAATTCCAGCAGTCCCGATTGGGACTTCAACACAAACAAGGACAATTGGCCAATGGCAAACAAGGTAGGAGT c c g g ca c 730 740 750 760 770 780 790 800 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ***** *** ***** ***** *********** ***** ******************** ************** **** GGGAGGCTTCGGTCCAGGGTTCACACCCCCACACGGTGGCCTTCTGGGGTGGAGCCCTCAGGCACAGGGCATTCTgACAA c t c t t g a a 810 820 830 840 850 860 870 880 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| *** ****** *********** ******* ** *************** * ********* ***** ********** CCTcGCCACCAGATCCACCTCCTGCTTCCACCAATCGGAGGTCAGGAAGAAAGCCAACCCCAGTCTCTCCACCTCTAAGG t c c a c gc a a t a 890 900 910 920 930 940 950 960 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ************* * * * ** *** * * ** ******* ***** GACACACATCCACAGGCCATGCAGTGGAACTCAACACAGTTCCACCAAGCACTGTTGGATCCGAGAGTaAGGGGtCTGTA c nnnynnnnnnnnnnnnnnnct ag ca aca tc a c a ct g g----- n c - g 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ****************************** ******* ********** ************ **** ******** TtTTCCTGCTGGTGGCTCCAGTTCAGAAACACAGAACCCTGCTCCGACTATTGCCTCTCTCACATCATCAATCTTCTCGA -c- a tg t g c - 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| *************** ********************************** ********* *********** ***** * AGACTGGGGACCCTGcTATGAACATGGAGAACATCACATCAGGACTCCTAGGACCCCTTCTCGTGTTACAGGCGGTGTGT t a c g t 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| **** ********** *** ********** ************************************** ********* TTCTTGTTGACAAAAATCCTCACAATACCAcAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTCAATTTTCTAGGGGTACCACC c g g ag a 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ******************************************************************************** CGGGTGTCCTGGCCAAAATTCGCAGTCCCCAATCTCCAATCACTTACCAACCTCCTGTCCTCCAACTTGTCCTGGCTATC 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ** *********************************************** ***************************** GTTGGATGTGTCTGCGGCGTTTTATCATCTTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGCCTCATCTTCTTGTTGGTTCTTCTGGAC c g 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ***************************************** **************** ******** *********** TATCAAGGTATGTTGCCCGTGTGTCCTCTACTTCCAGGATCtACAACCACCAGCACGGGACCCTGCAAAACCTGCACCAC at t g w 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ** ********** **************** ** ** **** ************************************* TCTTGCTCAAGGAACCTCTATGTTTCCCTCcTGCTGCTGTACCAAACCTTCGGACGGAAATTGCACCTGTATTCCCATCC y c t t t ta 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| **** ***************************** ******************** **************** ** **** CATCATCTTGGGCTTTCGGAAAATACCTATGGGAGTGGGCCTCAGCCCGTTTCTCTTGGCTCAGTTTACTAGTGCAATTT g t a c c c 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| * ****************************** ******* * *** ******** ********************** GtTCAGTGGTGCGTAGGGCTTTCCCCCACTGTCTGGCTTTTAGTTATATGGATGATtTGGTATTGGGGGCCAAATCTGTG c t cg c g c a g 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ** ********* ** ********************************************** ***************** CAGCATCTTGAGTCCCTTTATACCGCTGTTACCAATTTTTTGTTATCTGTGGGCATCCATTTgAACACAGCTAAAACAAA a g a a r 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| * ******* *** ** * *************** ******** ******** *********************** * AtGGTGGGGTTATtCCtTaCACTTTATGGGTTATAtaATTGGGAGTTGGGGGACcTTGCCTCAGGAACATATTGTGCATA a c a c t ggc c a a w s g 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ******** * ****** ********** ** *** **** *********** ** ******** ************** AAATCAAAGATTGCTTTCGCAAACTTCCCGTgAATAGACCCATTGATTGGAAGGTtTGTCAACGcATTGTGGGTCTTTTG a g y t t c t a c ac r a 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ***************** ************** ***************** ******** ** * ***** ******** GGCTTTGCAGCCCCTTTTACTCAATGTGGTTATCCTGCTCTCATGCCCTTGTATGCCTGTATTACcGCTAAgCAGGCTTT c c a c cr t a c 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ****************************** ** * ****** *** ************************ ** **** TGTTTTCTCGCCAACTTACAAGGCCTTTCTCTGTAAACAATACaTGAACCTTTACCCCGTTGCTCGGCAACGgCCAGGCC gc c c c c a g a 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ********************************************** *************** ******* ******* * TTTGCCAAGTGTTTGCTGACGCAACCCCCACTGGCTGGGGCTTGGCGATTGGCCATCAGCGCATGCGCGGAACCTTTGTG a c c a 2170 2180 2190 2200 2210 2220 2230 2240 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| *********** *********** ******** ** ** *************** ************** ******* ** GCTCCTCTGCCGATCCATACTGCGGAACTCCTAGCaGCtTGTTTCGCTCGCAGCaGGTCTGGAGCGGACaTTATCGGCAC c a c c c c g a r 2250 2260 2270 2280 2290 2300 2310 2320 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ******** ******** ****************************** * ** ************************* TGACAACTCcGTTGTCCTTTCTCGGAAGTACACCTCCTTCCCATGGCTGCTaGGcTGTGCTGCCAACTGGATCCTGCGCG c t g a c t a 2330 2340 2350 2360 2370 2380 2390 2400 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| ************* **************** ************************ ***** ********* ****** GGACGTCCTTTGTCTACGTCCCGTCGGCGCTGAATCCTGCGGACGACCCCTCTCGTGGTCGCTTGGGGCTCTgCCGCCCt t a g tc a c 2410 2420 2430 2440 2450 2460 2470 2480 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....| *********** ********** * ** ** ************************************* ***** *** CTTCTCCGCCTgcCGTTCCGGCCGACGACGGGTCGCACCTCTCTTTACGCGGACTCCCCGCCTGTGCCTTCTCATCTGCC at at a a g t a t 2490 2500 2510 2520 2530 ....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|.. ** ************** **************** ***** **** ****** GGCCCGTGTGCACTTCGCTTCACCTCTGCACGTCgCATGGAGACCACCGTGA a g a c m |