HBVdb::Dataset - Hepatitis B Virus Database

Dataset for nucleotide sequence PreS1 of genotype G

[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]

        10        20        30        40        50        60        70        80
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*****    *      *    ****   *      *** * *** *****      ********* *****  *******
ATGGGGCTTTCTTGGACGGTCCCTCTCGA---GTGGGGAAAGAACCTTTCCACCAGCAATCCTCTAGGATTCCTTCCCGA
     aggg ggactt caca    gga aggcat   g c   t     tgttcc         g     tt
              a    a      a             g            a


        90       100       110       120       130       140       150       160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*** ******** ** ** *** **** **  * *********************** ***** ******* *******
TCACCAGTTGGACCCaGCATTCAGAGCAAATACCAACAATCCAGATTGGGACTTCAATCCCAAAAAGGACCCTTGGCCAG
   t        t  g  g   g    c  ct a                       c     c       a       c
               t  c


       170       180       190       200       210       220       230       240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* *** *  * *******  ***** *  ** ** ************** ******** **  ************ **
AGGCCAACAAGGTAGGAGTTGGAGCCTATGGACCCGGGTTCACCCCTCCACACGGAGGCCTTTTGGGGTGGAGCCCTCAG
a   c tc a       cg     a tc  g  a              t        t  gc            t  ca
                   c                             g


       250       260       270       280       290       300       310       320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
********* * ******   * ******* *** **  ******* ******** ****** *  ******* *****
TCTCAGGGCACACTAACAACTTTGCCAGCAGATCCGCCTCCTGCCTCCACCAATCGTCAGTCAGGGAGGCAGCCTACTCC
g         t t      acg a       t   t  ca       a        g      a ac       g
                                                                          c
                                                                          a

       330       340       350       360       370       380       390       400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*** * ****** ** ******** ************ *******   *** **     ** ********** **  ***
CATCTcTCCACCACTAAGAGACAGTCATCCTCAGGCCATGCAGTGGAACTCTACAGCAtTCCACCAAGCTCTACAAAATC
   a t      t  g        y            c       ---   c  ccagg  t          t  rg
                                                       a c              g


       410       420       430       440       450       460       470       480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*** * ****         *      **********************  * *      * ** ***** **********
CCAAAGTCAGGGGCCTGTATt---TTCCTGCTGGTGGCTCCAGTTCAGGGATAGTGAACCCTGTTCCGACTATTGCCTCT
   g a    --------- cttc--                      aa c ccagga t  c     a
   c              t -                                 a


       490       500       510       520       530       540       550       560
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* **  ** ********* * * ** ***** ** ** * **** ******** ************ **** ********
CACATCTCGTCAATCTTCtCCAGGATTGGGGACCCTGCACCGAACATGGAGAACATCACATCAGGATTCCTAGGACCCCT
t  ca  a         a g a  c     g  t  t a    t        t            c    c
                  g a


       570       580       590       600       610       620       630       640
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
******** ********    **** ********* * ** ********** **** ***********************
GCTCGTGTtACAGGCGGGGTTTTTCTTGTTGACAAGAATCCTCACAATACCGCAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTC
        c        tagg    g         a t  t          a    a
                    a


       650       660       670       680       690       700       710       720
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*************** *    ********* ***** ******************************** ** *** ***
TCAATTTTCTAGGGGGAGTGCCCGTGTGTCCTGGCCTAAATTCGCAGTCCCCAACCTCCAATCACTCACCAATCTCCTGT
               a acaa         t     a                                t  c   t



       730       740       750       760       770       780       790       800
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
******* ********* **************  **************** *****************************
CCTCCAACTTGTCCTGGCTATCGCTGGATGTGTCTGCGGCGTTTTATCATATTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGCCTCAT
       t         a              gt                c



       810       820       830       840       850       860       870       880
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
********************* ***** ******************** ** *** ********** ******** ****
CTTCTTGTTGGTTCTTCTGGACTATCAAGGTATGTTGCCCGTTTGTCCTCTGATTCCAGGATCCTCGACCACCAGTACGG
                     t     r                    c  a   t          c        c



       890       900       910       920       930       940       950       960
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**** **** ********** ****************************************** ***** ******  **
GACCCTGCAAAACCTGCACGACTCCTGCTCAAGGCAACTCTATGTATCCCTCATGTTGCTGTACAAAACCTTCGGACGGA
    a    g          t                                          t     t      aa



       970       980       990      1000      1010      1020      1030      1040
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
******************************************************** **** ***** ********* **
AATTGCACCTGTATTCCCATCCCATCATCTTGGGCTTTCGCAAAATACCTATGGGAGTGGGCCTCAGTCCGTTTCTCtTG
                                                        t    t     c         a
                                                        c                    c


      1050      1060      1070      1080      1090      1100      1110      1120
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
************** ******************************** ****** ***** **** *** * ****** *
GCTCAGTTTACTAGTGCCATTTGTTCAGTGGTTCGTAGGGCTTTCCCCCACTGTCTGGCTTTCAGCTATaTgGATGATGT
              c                                a      t     c    t   g t      a
                                                                       c


      1130      1140      1150      1160      1170      1180      1190      1200
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
********* **** ******** ** ****** ** *** ********************** * *************
GGTATTGGGGGCCAAATCTGTACAACATCTTGAGTCCCTTTaTACCGCTGTTACCAATTTTCTTtTGTCTTTGGGTATAC
t         a    g        m  c      g  a   t                      g t
                        g



....:.
**  **
ATCTAA
  tc