HBVdb::Dataset - Hepatitis B Virus Database

Dataset for nucleotide sequence P of genotype G

[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]

        10        20        30        40        50        60        70        80
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*********** **************** ****************** *** ****** *** *****************
ATGCCCCTATCCTATCAACACTTCCGGAGACTACTGTTGTTAGACGAAGAGGCAGGTCCCCTCGAAGAAGAACTCCCTCG
           t                a                  c   a      t   a



        90       100       110       120       130       140       150       160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*********      ** **** ***** **** ********  ****   *   * ***** ****** **********
CCTCGCAGACGAAGATCTCAATCGCCGCGTCGCAGAAGATCTGCATCTCCAGCTTCCCAATGTTAGTATTCCTTGGACTC
         gccttg  c    a     a    g        ca    tgg aac t     a      c
              c                  c        a      a


       170       180       190       200       210       220       230       240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* ***************** ***** ************ **************** ** *********** ********
ACAAGGTGGGAAACTTTACGGGGCTGTATTCTTCTACTATACCTGTCTTTAATCCTGATTGGCAAACTCCTTCTTTTCCA
t                 t     t            g                g  g           c        t
                   c                                      c


       250       260       270       280       290       300       310       320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** ** ********* * ********   **  *** * ** ************ * ***** ***** **
AATATCCATTTGCATCAAGACATTATAACTAAATGTGAACAATTTGTGGGCCCTCTCACAGTAAATGAGAAACGAAGATT
  c  t         g g        cga  gg   c g  g            t t     g     a  gaa------
     a                                                  g     t           g   c


       330       340       350       360       370       380       390       400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
     ** ********** ** ** *  ** ***  *** ** ***** ** ***** ***** ** **    ***** *
AAAACTAGTTATGCCTGCCAGATTTTTCCCAAACTCTACTAAATATTTACCATTAGACAAAGGTATCAAACCGTATTATC
---ct  a          t  g  c at  t   cg   c  g     g  c     t     c  t  g--t     c
                                  a                               a     -


       410       420       430       440       450       460       470       480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* **  * *  *** ******* *** *  * ** ************** ** *****  * ** *** ******** **
CAGAAAATGTAGTTAATCATTACTTCCAGACCAGACATTATTTACATACCCTTTGGAAGGCGGGTATTCTATATAAGAGA
t  gc g cc   c       t   a ag t  g              t  g     aa t  c   t        c



       490       500       510       520       530       540       550       560
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*****  * ** ***** *********************  * ********** * **********    *      *
GAAACATCCCGTAGCGCTTCATTTTGTGGGTCACCATATACTTGGGAACAAGATCTACAGCATGGGGCTTTCTTGGACGG
     ta a  c     c                     ta a          g c          aggg ggactt ca
     g           a                                                         a


       570       580       590       600       610       620       630       640
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
  ****   *      *** * *** *****      ********* *****  ********** ******** ** **
TCCCTCTCGA---GTGGGGAAAGAACCTTTCCACCAGCAATCCTCTAGGATTCCTTCCCGATCACCAGTTGGACCCAGCA
ca    gga aggcat   g c   t     tgttcc         g     tt          t        t  t  g
a      a             g            a                                            c


       650       660       670       680       690       700       710       720
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*** **** **  * *********************** ***** ******* ******* * *** *  * *******
TTCAGAGCAAATACCAACAATCCAGATTGGGACTTCAATCCCAAAAAGGACCCTTGGCCAGAGGCCAACAAGGTAGGAGT
   g    c  ct a                       c     c       a       c a   c tc a       c



       730       740       750       760       770       780       790       800
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***** *  ** ** ************** ******** **  ************ **   ********* * ******
TGGAGCCTATGGACCCGGGTTCACCCCTCCACACGGAGGCCTTTTGGGGTGGAGCCCTCAGTCTCAGGGCACACTAACAA
g     a tc  g  a              t        t  gc            t  cag         t t
c                             g


       810       820       830       840       850       860       870       880
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   * ******* *** **  ******* ******** ********  ******* ******** ******** ** ***
CTTTGCCAGCAGATCCGCCTCCTGCCTCCACCAATCGTCAGTCAGGGAGGCAGCCTACTCCCATCTCTCCACCACTAAGA
acg a       t   t  ca       a        g        ac       g        a        t  g
                                                       c
                                                       a

       890       900       910       920       930       940       950       960
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***** ************ *******   *** **    ************** **  ****** * ****
GACAGTCATCCTCAGGCCATGCAGTGGAACTCTACAGCATTCCACCAAGCTCTACAAAATCCCAAAGTCAGGGGCCTGTA
     y            c       ---   c  ccag              t  rg      g a    ---------
                                    a c              g          c


       970       980       990      1000      1010      1020      1030      1040
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
    **********************  * *      * ** ***** *********** **  ** ********* * *
TtTTCCTGCTGGTGGCTCCAGTTCAGGGATAGTGAACCCTGTTCCGACTATTGCCTCTCACATCTCGTCAATCTTCTCCA
-c--                      aa c ccagga t  c     a           t  ca  a         g g
-                              a                                           a a


      1050      1060      1070      1080      1090      1100      1110      1120
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** ***** ** ** * **** ******** ************ **** *************************    *
GGATTGGGGACCCTGCACCGAACATGGAGAACATCACATCAGGATTCCTAGGACCCCTGCTCGTGTTACAGGCGGGGTTT
a  c     g  t  t a    t        t            c    c                         tagg
                                                                              a


      1130      1140      1150      1160      1170      1180      1190      1200
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*** ********* * ** ********** **** ************************************** *    *
TTCTTGTTGACAAGAATCCTCACAATACCGCAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTCAATTTTCTAGGGGGAGTGCC
   g         a t  t          a    a                                      a acaa



      1210      1220      1230      1240      1250      1260      1270      1280
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
******** ***** ******************************** ** ************** ********* ****
CGTGTGTCCTGGCCTAAATTCGCAGTCCCCAACCTCCAATCACTCACCAATCTCCTGTCCTCCAACTTGTCCTGGCTATC
        t     a                                t  c              t         a



      1290      1300      1310      1320      1330      1340      1350      1360
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**********  **************** **************************************************
GCTGGATGTGTCTGCGGCGTTTTATCATATTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGCCTCATCTTCTTGTTGGTTCTTCTGGAC
          gt                c                                                  t



      1370      1380      1390      1400      1410      1420      1430      1440
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***** ******************** ** *** ********** ******** ******** **** ********** *
TATCAAGGTATGTTGCCCGTTTGTCCTCTGATTCCAGGATCCTCGACCACCAGTACGGGACCCTGCAAAACCTGCACGAC
     r                    c  a   t          c        c        a    g          t



      1450      1460      1470      1480      1490      1500      1510      1520
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***************************************** ***** ******  ************************
TCCTGCTCAAGGCAACTCTATGTATCCCTCATGTTGCTGTACAAAACCTTCGGACGGAAATTGCACCTGTATTCCCATCC
                                         t     t      aa



      1530      1540      1550      1560      1570      1580      1590      1600
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
********************************** **** ***** ********* **************** *******
CATCATCTTGGGCTTTCGCAAAATACCTATGGGAGTGGGCCTCAGTCCGTTTCTCtTGGCTCAGTTTACTAGTGCCATTT
                                  t    t     c         a                c
                                  c                    c


      1610      1620      1630      1640      1650      1660      1670      1680
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
******************************** ********** *** * *********************** ******
GTTCAGTGGTTCGTAGGGCTTTCCCCCACTGTCTGGCTTTCAGCTATaTgGATGATGTGGTATTGGGGGCCAAATCTGTA
                                t          t   g t                       g
                                                 c


      1690      1700      1710      1720      1730      1740      1750      1760
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** ** ****** ** *** ************************ *************** ****   *  ****** **
CAACATCTTGAGTCCCTTTaTACCGCTGTTACCAATTTTCTTTTGTCTTTGGGTATACATCTAAACCcTAACAAAACAAA
  m  c      g  a   t                        t               t    tta gc      t
  g                                                                          g


      1770      1780      1790      1800      1810      1820      1830      1840
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
  ************** * *  ** ******** ******************** ******** ** ** **   * * *
AAGATGGGGTTATTCCTTAAATTTTATGGGATATGTAATTGGAAGTTGGGGTACTTTGCCACAAGAACACATCACACAgA
gc              c g rc  c        c                    c        g  t  t  tgt a a



      1850      1860      1870      1880      1890      1900      1910      1920
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**** *  * ******* * ***** ******** *****  ************* ****** ****    ** **  **
AAATTAAGCAATGTTTTCGGAAACTCCCTGTTAACAGGCCAATTGATTGGAAAGTCTGTCAACGAATAACTGGTCTGTTG
    c ga r       a a     a        t     cg             t      a    tttg  a  cc
                 g                                     r            g a     t
                                                       a

      1930      1940      1950      1960      1970      1980      1990      2000
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** ** ******** ** ** ***************** *********** ***** ******** *  ** ********
GGTTTCGCTGCTCCTTTTACCCAATGTGGTTACCCTGCCTTAATGCCTTTATATGCATGTATACAAGCTAAGCAGGCTTT
  c  t        c  c  a                 g           g     m        g tc  a
  a           a                       a


      2010      2020      2030      2040      2050      2060      2070      2080
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***************** *********** ***********   ************ ****   ***************
TACTTTCTCGCCAACTTATAAGGCCTTTCTCTGTAAACAATACATGAACCTTTACCCcGTTGCTAGGCAACGGCCCGGTC
c                 c           g           tcg            t    tcc
                              a


      2090      2100      2110      2120      2130      2140      2150      2160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
******************* ************** ***** ******** ** ***************************
TGTGCCAAGTGTTTGCTGACGCAACCCCCACTGGTTGGGGCTTGGCCATCGGcCATCAGCGCATGCGTGGAACCTTTGTG
                   t              c     g        g  a
                                                 a


      2170      2180      2190      2200      2210      2220      2230      2240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
************************** **    ***** *************** ************   * ** ** **
GCTCCTCTGCCGATCCATACTGCGGAACTCCTAGCTGCTTGTTTTGCTCGCAGCCGGTCTGGAGCAAAACTCATTGGGAC
                          t  gagc     c               a            cca t  c  a



      2250      2260      2270      2280      2290      2300      2310      2320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*** ************** ** *********** ** ***** **** ************ ****  * ** ***    *
TGACAATTCTGTCGTCCTTTCTCGGAAATATACATCCTTTCCATGGCTGCTAGGCTGTGCTGCCAACTGGATCCTTCGCG
   t              c  g           c  a     c    a            c    ta c  c   gtca
                     c           m                               c


      2330      2340      2350      2360      2370      2380      2390      2400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
************* ********* * *** ******* **************  **** ** ****** ***  ** **
GGACGTCCTTTGTTTACGTCCCGTCAGCGCTGAATCCAGCGGACGACCCCTCCCGGGGCCGTTTGGGGCTCTgTCGCCCC
             c         a g   t       t              tt    t  g      a   ac  t  t
                                                             c              a


      2410      2420      2430      2440      2450      2460      2470      2480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***** * * ** *** **  *** ***************** ********* ***** *  *** **** *********
CTTCTCCGTCTGCCGTTCCTGCCGACCACGGGGCGCACCTCTCTTTACGCGGTCTCCCCGTCTGTtCCTTCTCATCTGCC
     t a t  t   a  ga   w                 a         a     g ag   g    t
                        t
                        c

      2490      2500      2510      2520      2530
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|..
*************** ********    ** **  ****** *** ** ***
GGACCGTGTGCACTTCGCTTCACCTCTGCACGTTACATGGAAACCGCCATGA
               t        aagt  t  cg      g   a  g