HBVdb::Dataset - Hepatitis B Virus Database

Dataset for nucleotide sequence P of genotype E

[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]

        10        20        30        40        50        60        70        80
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
          * *  *  *   *** **   * ***** *****               **      *  * ** *  **
ATGCCCCTATCTTATCAACACTTCCGGAGAaTACTGTTGTTAGACGAAGAG------GCAGGTCCCCTAGAAGAAGAACT
                c        t    c       a        c  -                 c     c
                              t


        90       100       110       120       130       140       150       160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*****   *  *  **   *  **  *** **  *** *  *  ****  **  * *         *   *  ** ** *
CCCTCGCCTCGCAGACGAAGATCTCAATCGCCGCGTCGCAGAAGATCTCAATCTCCAGCTTCCCAATGTTAGTATTCCTT
     a      c    c                                  t    tg    agc            g



       170       180       190       200       210       220       230       240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   * *  *** ****        * **  * ** *** *       *     ** **       * * ** * *
GGACTCACAAGGTGGGAAATTTTACGGGGCTTTAcTCTTCTACTATACCTGTCTTTAATCCTAACTGGAAAACTCCATCT
       t                          t   a c   t t   a           c             t t
                                                                            c


       250       260       270       280       290       300       310       320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** **    ** **  *  * ** **  *  *    *  ** *   ** * ** ** **  * **  *  *  *
TTTCCTGATATTCATTTGCACCAGGAcATTATTAACAAATGTGAACAATTTGTAGGTCCTCTAACAGTAAATGAAAAACG
  c   a c        a     a  t      g t g      g           c  ct t     t         a
                                                              g


       330       340       350       360       370       380       390       400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                                            * ** **    *     ** ** ** *  **  *
AAGATTAAAcTTAGTCATGCCTGCTAGATTTTTTCCcATCTCTACgAAATATTTgCCCCTAGAGAAAGGTATAAAACCTT
g   c    ac  a t                    t   g    a        a  at g  t  g  g        c
         t                                   t        t  t           c


       410       420       430       440       450       460       470       480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   * *      *  *  * ***** ***** **     * ** ***** *  *   * *** * *  **  * ** ***
ATTATCCAGAtAATGTAGTTAATCATTACTTCCAAACCAGACACTATTTACATACCCTATGGAAGGCGGGCATCTTATAT
       c  c     g              t     t                 tt t   g       t
       t  g                                               g
          a

       490       500       510       520       530       540       550       560
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
    * *   *  *       ** ****     **    *  **     ******  *   ** * * **   ***** *
AAAAGaGAAACTACaCGTAGCGCCTCATTTTgTGGGTCACCTTATTCTTGGGAACAAGAgCTACATCATGGGGCTTTCTT
  gc g     gt c     t          tg  t t   a              c  c
            g g                a                           t


       570       580       590       600       610       620       630       640
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**   ** ** **    *    *** ** ***               *     **     * ***** ** **** ***
GGACGGTCCCTCTCGAATG---GGGGAAGAATCATTCCACCACCAATCCTCTGGGATTTTTTCCCGACCACCAGTTGGAT
             a              a     g      t a      t



       650       660       670       680       690       700       710       720
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
****  ***   ** **  **       * ********    *****      * *    **          * * ****
CCAGCATTCAGAGCAAACACCAGAAATCCAGATTGGGACCACAATCCCAACAAAGACCACTGGACaGAAGCCAACAAGGT
     g   ca      t   cac              t t        c      t        g  c



       730       740       750       760       770       780       790       800
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*****  *  * **  *  * **     *  * *  ** *      *  * **    *   * * *      **
AGGAGTGGGAGCATTCGGGCCgGGGTTCACTCCCCCACACGGAGGCCTTTTGGGGTGGAGCCCTCAGGCTCAAGGCATGC
         t     t     t   c t        g            c    a c   t                  t
                     a


       810       820       830       840       850       860       870       880
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                                          *    *      *     *    **  * **
TAAAAACATTGCCAGCAGATCCGCCTCCTGCCTCCACCAATCGGCAGTCAGGAAGGCAGCCTACCCCAATCACTCCACCT
agcct tgg     a  a             t              a



       890       900       910       920       930       940       950       960
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***** *  *  *     *      *                          *   **  *
TTGAGAGACACTCATCCTCAGGCCATGCAGTGGAATTCCACAACaTTCCACCAAGCTCTGCAGGATCCCAGAGTAAGAGG
           g            g a  a       a  a g t  t      a    a   a      a ----a---
                                                                          g -g a


       970       980       990      1000      1010      1020      1030      1040
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
             * *******     **  *  *        *  * **      ***  *  * *   **  *** *
CCTGTATtTTCCTGCTGGTGGCTCCAGTTCCGGAACAGTGAACCCTGTTCCGACTACTGCCTCaCTCATCTCGTCAATCT
-------c--                             a g                 t   t     a
t     g-cc


      1050      1060      1070      1080      1090      1100      1110      1120
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*   * *  *** *     *    *   ** *         * **      **     **** ** *   **   *  *
TCTCGAGGATTGGGGACCCTGCACCGAACATGGAAaGCATCACATCAGGATTCCTAGGACCCCTGCTCGTGTTACAGGCG
                  t               gga   t                             a



      1130      1140      1150      1160      1170      1180      1190      1200
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*   *** *  * * * ** ** ***   *** **  *** **  **** * **** *****   *    **  *****
GGGTTTTTCTTGTTGACAAAAATCCTCACAATACCGCAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTCAATTTTCTAGGGGG
  a                                                                g           a



      1210      1220      1230      1240      1250      1260      1270      1280
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
     * *  *    ***** ** **  * *  ** ** *  *  ***** ** *   ***   **       **   **
AGCTCCCGTGTGTCTTGGCCAAAATTCGCAGTCCCCAAcCTCCAaTCACTCACCAACCTCTTGTCCTCCAATTTGTCCTG
t            g           t           t     g        t               g c
a            c


      1290      1300      1310      1320      1330      1340      1350      1360
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
     *  * ****   *  *** ** **    * * *  ** ***** * ** * ***** ******* *  **  ***
GCTATCGCTGGATGTGTCTGCGGCGTTTTATCATCTTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGCCTCATCTTCTTGTTGGTTCTT
t     t                          a



      1370      1380      1390      1400      1410      1420      1430      1440
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* ** ** **   * ** **** **  *** * *     **  ** *  * *  *  *     **        *  * *
CTGGACTATCAAGGTATGTTGCCCGTTTGTCCTCTAATTCCAGGATCATCAACCACCAGTACGGGACCCTGCCGAACCTG
           c                        c          c           c            a



      1450      1460      1470      1480      1490      1500      1510      1520
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*** **    * **     * ****      ***  **  **  *   * * **    *    ***   * *   **  *
CACGACTCTTGCTCAAGGAACCTCTATGTTTCCCTCATGTTGCTGTTCAAAACCTTCGGACGGAAATTGCACTTGTATTC
        c       a g                    c       t            aa



      1530      1540      1550      1560      1570      1580      1590      1600
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
****** ** ** * ** *** * *** * ********  ******* ** ***** **   ** **  ** ***** *
CCATCCCATCATCATGGGCTTTCGGAAAATTCCTATGGGAGTGGGCCTCAGCCCGTTTCTCCTGGCTCAGTTTACTAGTG
                                       g                     t



      1610      1620      1630      1640      1650      1660      1670      1680
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*  * ** ** ********  **  ** *** ** **  * *****  * **  *************  ****  * *
CCATTTGTTCAGTGGTTCGCCGGGCTTTCCCCCACTGTCTGGCTTTCAGTTATATGGATGATGTGGTATTGGGGGCCAAG
                   ta             t   t                                     g ga



      1690      1700      1710      1720      1730      1740      1750      1760
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**   *  ** **  *  *  * * ***  **   ** ***** **  *  *  **** **  *  * **  *    **
TCTGTACAACATCTTGAGTCCCTTTATACCTCTGTTACCAATTTTCTTTTGTCTTTGGGTATACATTTAAATCCCAACAA
a          c      g          tg                 c          c      c g   t t
                                                                        g a


      1770      1780      1790      1800      1810      1820      1830      1840
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
          ***** **  *     * *  *****  *    ***    ***  **  *  * ** **  * *  **
AACAAAAAGATGGGGATATTCCCTAaATTTCATGGGTTATGTAATTGGaAGTTGGGGgTCATTACCACAgGAACACATCA
       c g           t  gc c  t        ca       t        a  c  g  g  a  t     tc
                        t  g                    c        c        c     c
                        c

      1850      1860      1870      1880      1890      1900      1910      1920
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
     ** ***    * *****  * ** ** **  * *   * *   * ** ***** *     *   *  * *  **
GAatgAAAATCAAAGACTGTTTTAGaAAACTCCCTGTTAAcCGGCCTATTGATTGGAAAGTATGTCAAaGAATTGTGGGT
a tca        g  t     c  g     t  a  c  ta a  c              c      c g  c
c c                                                          g           a


      1930      1940      1950      1960      1970      1980      1990      2000
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**  * *  **  * ** ** ** ** ***** ** *  ** ** **  ****    **  *  *    **        *
CTtTTGGGCTTTGCTGCCCCTTTTACACAATGTGGaTATCCTGCTTTAATGCCTCTgTATGCGTGTATTCAATCTAAGCA
  c  a  t           c     g        g           g      t a   a a  c cc  gg c g
  g                                c                  a                c  g


      2010      2020      2030      2040      2050      2060      2070      2080
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*****    ** ** *  *  ** * * * **  *       ** **      ***** ***** *    *  * ***
GGCTTTCACTTTCTCGCCAACTTACAAGGCCTTTCTGTGTaAACAATAccTGAACCTTTACCCCGTTGCCCGGCAACGGC
            t     g         a    ct a a ccc     ta  gc                         t



      2090      2100      2110      2120      2130      2140      2150      2160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
  *   * ******** ***** ** ***** *** * ** *** ***** *  * * *   *  **    *  *    *
CaGGTCTGTGCCAAGTGTTTGCTGATGCAACCCCCACTGGCTGGGGCTTGGCCaTAGGCCATCAGCGCATGCGtGGAACC
c                       c              t            t g   at       c a  c
t                                                     c            g


      2170      2180      2190      2200      2210      2220      2230      2240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
     * * **    *  * ***       **  ****  *  *    ***** ***  **** *  **** **     *
TTTGTGGCTCCTCTGCCGATCCATA---CTGCGGAACTCCTAGCCGCTTGTTTTGCTCGCAGCaGGTCTGGAGCgAAACT
            a a              g         t g  a  c               c       g  a cc
                                            g


      2250      2260      2270      2280      2290      2300      2310      2320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
    ** **  * ** ** ** ** ** **  * **    *   * ** ****** **** ** *   **** *  ***
TATCGGGACaGATAATTCTGTCGTTCTCTCcCGGAAATATACATCaTTTCCATGGCTGCTAGGCTGTGCTGCCAACTGGA
c  a  a  t  c        t  c     a  a        c  c                 a
   t     g                    t              g
         c

      2330      2340      2350      2360      2370      2380      2390      2400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* **    *********** *  * *** * ***     * ** *  * ****** ** *   * ** *   * **
TCCTGCGAGGGACGTCCTTTGTCTACGTCCCGTCAGCGCTGAATCCTGCGGACGACCCgTCTCGGGGTCGCTTGGGGaTC
    aa                t           g        c              c        c   c     g t
    t                                                     a


      2410      2420      2430      2440      2450      2460      2470      2480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   * **  *   *    **    * **   *  * *** * *  ** * * * ***   *  *       *    **
TaTCGTCCCCTTCTCCGTCTGCCGTTCCaGCCGACCACGGGGCGCACCTCTCTTTACGCGGTCTCCCCGTCTGTGCCTTC
cc              a          ga  at                                  a     t   a
g                                                                        a
t

      2490      2500      2510      2520      2530      2540
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|.
*  *   **  *** * * *** * * ******    ****   ****   **   ****
TCATCTGCCGGACCGTGTGCACTTCGCTTCACCTCTGCACGTCGCATGGAGACCACCGTGA
  gc c     t                                      a
           g
           c