HBVdb::Dataset - Hepatitis B Virus Database

Dataset for nucleotide sequence PreS1 of genotype G

[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]

        10        20        30        40        50        60        70        80
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
********************************   *** * *** ****** ************* ****** *******
ATGGGGCTTTCTTGGACGGTCCCTCTCGAGTG---GGGAAAGAACCTTTCCACCAGCAATCCTCTAGGATTCCTTCCCGA
                                nnn   g g   t      g             g      t


        90       100       110       120       130       140       150       160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*************** ** *************************************************************
TCACCAGTTGGACCCaGCATTCAGAGCAAATACCAACAATCCAGATTGGGACTTCAATCCCAAAAAGGACCCTTGGCCAG
               g  c


       170       180       190       200       210       220       230       240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
  ** ***** ******** ******** ******************** ************ ************ **
AGGCCAACAAGGTAGGAGTTGGAGCCTATGGACCCGGGTTCACCCCTCCACACGGAGGCCTTTTGGGGTGGAGCCCTCAG
na  g     a        c        c                    g            c            t  ca


       250       260       270       280       290       300       310       320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*********************** **************  *********************** ********** *****
TCTCAGGGCACACTAACAACTTTGCCAGCAGATCCGCCTCCTGCCTCCACCAATCGTCAGTCAGGGAGGCAGCCTACTCC
                       a              ca                       a          g


       330       340       350       360       370       380       390       400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***** ****** ** ********************* *******   *** **     ** ********** *******
CATCTcTCCACCACTAAGAGACAGTCATCCTCAGGCCATGCAGTGGAACTCTACAGCAtTCCACCAAGCTCTACAAAATC
     t      t  g                     c       ---   c  ccagg  t          g


       410       420       430       440       450       460       470       480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*** ******            ***********************  * *      * ** ***** *********** *
CCAAAGTCAGGGGCCTGTATtTTCCTGCTGGTGGCTCCAGTTCAGGGATAGTGAACCCTGTTCCGACTATTGCCTCTCAC
   c      ----------c-                       aa c ccagga t  c     a           t
                    -                              a

       490       500       510       520       530       540       550       560
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*  ** ********* * * ** ***** ** ** ****** ******** ************ ****************
ATCTCGTCAATCTTCTCCAGGATTGGGGACCCTGCACCGAACATGGAGAACATCACATCAGGATTCCTAGGACCCCTGCT
ca  a         a g a  c     g  t  t      t        t            c


       570       580       590       600       610       620       630       640
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***** ******** *  **** *********** ** ********** **** **************************
CGTGTtACAGGCGGGGTTTTTCTTGTTGACAAGAATCCTCACAATACCGCAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTCA
     c        t gg    g           t  t          a    a
                 a

       650       660       670       680       690       700       710       720
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
************ **  ************************************************* ****** ******
ATTTTCTAGGGGGAGTGCCCGTGTGTCCTGGCCTAAATTCGCAGTCCCCAACCTCCAATCACTCACCAATCTCCTGTCCT
            a  ca                                                 t      t


       730       740       750       760       770       780       790       800
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
************** **************  *************************************************
CCAACTTGTCCTGGCTATCGCTGGATGTGTCTGCGGCGTTTTATCATATTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGCCTCATCTT
              a              gt


       810       820       830       840       850       860       870       880
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
********************************************* ****** ********** ******** *******
CTTGTTGGTTCTTCTGGACTATCAAGGTATGTTGCCCGTTTGTCCTCTGATTCCAGGATCCTCGACCACCAGTACGGGAC
                                             c      t          c        c


       890       900       910       920       930       940       950       960
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***************** ****************************************** ***** ******  *****
CCTGCAAAACCTGCACGACTCCTGCTCAAGGCAACTCTATGTATCCCTCATGTTGCTGTACAAAACCTTCGGACGGAAAT
                 t                                          t     t      aa


       970       980       990      1000      1010      1020      1030      1040
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***********************  **************************** **** ***** ********* *****
TGCACCTGTATTCCCATCCCATCATCTTGGGCTTTCGCAAAATACCTATGGGAGTGGGCCTCAGTCCGTTTCTCtTGGCT
                       ga                            t    t     c         a
                                                     c

      1050      1060      1070      1080      1090      1100      1110      1120
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
******************************************** ****** ***** **** *** * ****** * **
CAGTTTACTAGTGCCATTTGTTCAGTGGTTCGTAGGGCTTTCCCCCACTGTCTGGCTTTCAGCTATaTgGATGATGTGGT
                                            a      t     c    t   g t      a t
                                                                    c

      1130      1140      1150      1160      1170      1180      1190      1200
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* ***** **** ******** **************** ********************** * **** **********
ATTGGGGGCCAAATCTGTACAACATCTTGAGTCCCTTTaTACCGCTGTTACCAATTTTCTTtTGTCTTTGGGTATACATC
c     a    g        g                t                      g t    a          t



...
**
TAA
c