HBVdb::Dataset - Hepatitis B Virus Database

Dataset for nucleotide sequence PreS2 of genotype F

[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]

        10        20        30        40        50        60        70        80
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
         *   *       *  **         *      *     *                   **** *    *
ATGCAGTGGAACTCaACcCAGTTCCACCAGGCtCTGTTaGATCCgAGGGTAAGGGCTCTGTAttTtCCTGCTGGTGGCTC
g a  a     t  ct t     t  t  aa ct    g  c  c aa    a        gcc-c
                                            a                --- -


        90       100       110       120       130       140       150       160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** * *    **      ** ** **  * *****   * *  * *** ****  *    **  ***** * ** **
CAGTTCAGaGACaCAGAACCCTGCTCCGACTATTGCCTCTCTCACATCATCAATCTTCTcGAAGACTGGGGGCCCTGCtA
        ga  g  a       t             y    t          c  c  t  c        c  t   c
                                                        a              a      a


       170       180       190       200       210       220       230       240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
  * **  ** * *      **   *  **    **  ** * *   * *   * ** *  *  **  *  * **   **
tGAACATGGAcAACATcACATCAGGACTCCTAGGACCCCTGCTCGTGTTACAGGCGGTGTGTTTCTTGTTGACAAAAATC
c         g g  ctt         a    a                           t  c  c     t  g
                                                            c


       250       260       270       280       290       300       310       320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* ** **  **    *  *** *** *  ***** ***** ** **** * * *     * *   ****  ** ******
CTCACAATACCACAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTCAATTTTCTAGGGGGActACCCGGGTGTCCTGGCCAAAA
g  a   g   ag                             g        a  a ac   a
                                                       c
                                                       r

       330       340       350       360       370       380       390       400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
  * * ******** ************** ** **  *******  * ***** **  ***** * *  ** ** ** **
TTCGCAGTCCCCAACCTCCAATCACTTACCAACCTCCTGTCCTCCAACTTGTCCTGGCTATCGtTGGATGTGTCTGCGGC
                                                         t     c



       410       420       430       440       450       460       470       480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*** ****** ******* *********** ** ***** **************** **** *     ***** ******
GTTTTATCATCTTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGCCTCATCTTCTTGTTGGTTCTTCTGGACTATCAAGGTATGTTGCCC
                                                        g       c  g



       490       500       510       520       530       540       550       560
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** ***** *                    **** *** ***   ****   **** **  ** **** * *   ** *
GTTTGTCCTCTAcTTCCAGGATCcACGACCACCAGCACGGGACCaTGCAAAACCTGCACAACTCTTGCtCAAGGAACCTC
            a          ttta                 c     g        g        a     c
                       a  c


       570       580       590       600       610       620       630       640
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**** * ***** ** ** *** * * *** * *** ***** ***** *********** ** ** **   ** *** *
TATGTTTCCCTCcTGtTGCTGTTCcAAACCcTCGGACGGAAACTGCACtTGTATTCCCATCCCATCATCtTGGGCTTTAG
            t  c  t   a a     t                 c                    c
            a           m     y


       650       660       670       680       690       700       710       720
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**** * ********  ** * ****  ***** *** * ***** ******* ***  *  ** ***** * **  * *
GAAAATACCTATGGGAGTGGGCCTCAGCCCGTTTCTCCTGGCTCAGTTTACTAGTGCAATTTGTTCAGTGGTGCGTaGGG
                          s          t       a                              c
                                     a       k


       730       740       750       760       770       780       790       800
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
********* *** **** **     *    **** * ***** **** ** *** **   **  * *  **  *  *
CTTTCCCCCACTGTcTGGCTTTTAGTTATATGGATGATCTGGTATTGGGGGCCAAATCTGTGCAGCATCTTGAGTCCCTT
          t   t              g                               t  a
                                                             a


       810       820       830       840
....:....|....:....|....:....|....:....|....:.
**  *   * ** * *****  *  ****  ****  ** *  * *
TATACCGCTGTTACCAATTTTCTGTTATCTGTGGGTATCCATTTaA
                     t        t             g