HBVdb::Dataset - Hepatitis B Virus Database

Dataset for nucleotide sequence PreS1 of genotype F

[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]

        10        20        30        40        50        60        70        80
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**********    **  *      *** ** * * *    *****  * **  **** *  *****  *  *  *  *
ATGGGAGCACCTCTcTCAACGACacGAAGGGGCATGGGACaGAATCTcTCTGTgCCCAATCCtCTGGGaTTCTTtCCAGA
              a        ta    a          tc     t     a        a     c   c g   r
                       g                                      g



        90       100       110       120       130       140       150       160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** **  *******  * ****   ***** *** **   * ** *****  ******    *******   *******
CCATCAGCTGGATCCtCTaTTCAGgGCAAATTCCAGCAGTCCCGAcTGGGACTTCAACAaAAACAAGGACAaTTGGCCAA
a     a        g  t    aa          a         t             c gc        c
                                                                       g



       170       180       190       200       210       220       230       240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*  * ***** **  *    * **     *   * **  * *  ** *        ** ** *** *  * ** * ***
TGGCAAACAAGGTAGGA---GTGGGAGGaTACGGTCCaGGGTTCACACCCC---CACACGGTGGCCTGtTGGGGTGGAGc
                         g cc     c  t     t           t         t  c a  a     t
                            t        c



       250       260       270       280       290       300       310       320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** *  ** ** **     *  *  *   * **    * ** ***    *  *********           *   *
CCtCAGGCACAgGGTGTgcTaACAACcTTGCCAGCAGATCCGCCTCCTGCTTCCACCAATCGGCGGTCCGGGAGaAAgCC
  a  a     a   a tt t     a        ga    a        cc           a aa g  a  g  a
                    c
                    g
                    r

       330       340       350       360       370       380       390       400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
           * * *    * *  ** ** ** ** **             *   *       ** **
AACCCCAGTCTCTCCACCTCTAAGAGACACaCATCCACAGGCcATGCAGTGGAACTCaACcCAGTTCCACCAGGCtCTGT
                        g     t           ag a  a     t  ct t     t  t  aa ct
                              c



       410       420       430       440       450       460       470       480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
           *                   **** *    * ** * *    **      ** ** **  * *****
TaGATCCgAGGGTAAGGGCTCTGTATtTtCCTGCTGGTGGCTCCAGTTCAGaGACaCAGAACCCTGCTCCGACTATTGCC
g  c  c aa    a    -----cc-c                      ga  g  a       t
       a                g-- -



       490       500       510       520       530       540       550       560
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* *  * *** ****  *    **  * *** * ** **     * **  ** * *      **   ** **    **
TCTCTCACATCATCAATCTTCTcGAAGACTGGGGGCCCTGCtAtGAACATGGAcAACATCACATCAGGACTCCTAGGACC
y    t          c  c  t  c        c  t   c c         g g  ctt         a    a
                   a              a      a



       570       580       590       600       610       620       630       640
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** * *   * *   * ** *  *  **  *  * **   *** ** **  ***   *  **  *** ** ***** **
CCTGCTCGTGTTACAGGCGGTGTGTTTCTTGTTGACAAAAATCCTCACAATACCACAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTT
                       t  c  c     t        g  a   g   ag
                       c



       650       660       670       680       690       700       710       720
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*** ** ****** * *     * *   ***** ** ******  * * *********************** ** **
CTCTCAATTTTCTAGGGGGActACCCGGGTGTCCTGGCCAAAATTCGCAGTCCCCAACCTCCAATCACTTACCAACCTCC
      g        a  a ac   a                                                     t
                  r
                  c


       730       740       750       760       770       780       790       800
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*******  * ***** **  ***** * *  ** ** ** ***** ****** ******* *********** ** ***
TGTCCTCCAACTTGTCCTGGCTATCGtTGGATGTGTCTGCGGCGTTTTATCATCTTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGCCT
                    t     c




       810       820       830       840       850       860       870       880
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** **************** **** *     ***** ******** ***** *        *
CATCTTCTTGTTGGTTCTTCTGGACTATCAAGGTATGTTGCCCGTTTGTCCTCTAcTTCCAGGATCcACGACCA------
                   g       c  g                        a          tt a   -
                                                                  a



       890       900       910       920       930       940       950       960
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
      *** *** ***   ****   **** **  ** **** * *   ** * **** * ***** ** ** *** *
------CCAGCACGGGACCATGCAAAACCTGCACAACTCTTGCTCAAGGAACCTCTATGTTTCCCTCcTGtTGCTGTTCc
     a             c     g        g        a     c                 t  c  t   a a
                                                                   a           m



       970       980       990      1000      1010      1020      1030      1040
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* *** * *** ***** ***** *********** ** ** **   ** *** ***** * ********  ** * ***
AAACCcTCGGACGGAAACTGCACtTGTATTCCCATCCCATCATCtTGGGCTTTAGGAAAATACCTATGGGAGTGGGCCTC
     t                 c                    c
     y



      1050      1060      1070      1080      1090      1100      1110      1120
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*  ***** *** * ***** **** ** ***  *  ** ***** * **  * * ********* *** **** **
AGCCCGTTTCTCCTGGCTCAGTTTACTAGTGCAATTTGTTCAGTGGTGCGTAGGGCTTTCCCCCACTGTcTGGCTTTTAG
s          t       a                              c             t   t
            a       k



      1130      1140      1150      1160      1170      1180      1190      1200
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
  *    **** * ***** **** ** *** **   **  * *  **  *  * **  *   * ** * *****  *
TTATATGGATGATCTGGTATTGGGGGCCAAATCTGTGCAGCATCTTGAGTCCCTTTATACCGCTGTTACCAATTTTCTGT
    g                               t  a                                    t
                                    a



      1210      1220
....:....|....:....|.
****  ****  ** *  * *
TATCTGTGGGTATCCATTTaA
     t             g