HBVdb::Dataset - Hepatitis B Virus Database

Dataset for nucleotide sequence PreS2 of genotype E

[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]

        10        20        30        40        50        60        70        80
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*     **   *        ** *   *   **  *       *                        * *******
ATGCAGTGGAATTCCACAACaTTCCACCAAGCTCTGCAGGATCCCAGAGTAAGAGGCCTGTATtTTCCTGCTGGTGGCTC
g a  a       a  a g t  t      a    a  aa      a   g ag at     -c-c
                                                              g-

        90       100       110       120       130       140       150       160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   **  *  *        *  * **      * *  *  * *   **  ***    *   * *  *** *     *
CAGTTCCGGAACAGTGAACCCTGTTCCGACTACTGCCTCaCTCATCTCGTCAATCTTCTCGAGGATTGGGGACCCTGCAC
               a g                 t   t     a                            t


       170       180       190       200       210       220       230       240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
     ** *         * **      ***    **** ** *   **   *  **   *** *  * * * ** ** *
CGAACATGGAAaGCATCACATCAGGATTCCTAGGACCCCTGCTCGTGTTACAGGCGGGGTTTTTCTTGTTGACAAAAATC
          gga                                 a           a    c
          c

       250       260       270       280       290       300       310       320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**   *** **  *** **  ***  * **** *****   *    **  *****      * *  *    ***** **
CTCACAATACCGCAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTCAATTTTCTAGGGGGAGCTCCCGTGTGTCTTGGCCAAAA
                                           g           a t            g
                                                                      c

       330       340       350       360       370       380       390       400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**  * *  ** ** *  *  ***** ** *   ***   **       ** * **  *  *  * ****   *  ***
TTCGCAGTCCCCAAcCTCCAaTCACTCACCAACCTCTTGTCCTCCAATTTGTCCTGGCTATCGCTGGATGTGTCTGCGGC
  t           t     g        t               g c         t     t


       410       420       430       440       450       460       470       480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** **    * * *  ** ***** * ** * ***** **** ** *  ** ***** ** ** **  ** ** **** *
GTTTTATCATCTTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGCCTCATCTTCTTGTTGGTTCTTCTGGACTATCAAGGTATGTTGCCC
          a                                                        c


       490       500       510       520       530       540       550       560
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*  *** * * *   **  ** *  * *  *  *     **        *  * * *** **    * *      * ***
GTTTGTCCTCTAATTCCAGGATCATCAACCACCAGTACGGGACCCTGCCGAACCTGCACGACTCTTGCTCAAGGAACCTC
            c                      c            a               c       a


       570       580       590       600       610       620       630       640
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*      ***  **  **  *   * *  *    *    ***   * *   **  * ****** ** ** * ** *** *
TATGTTTCCCTCATGTTGCTGTTCAAAACCTTCGGACGGAAATTGCACTTGTATTCCCATCCCATCATCATGGGCTTTCG
  c            c                    aa


       650       660       670       680       690       700       710       720
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* *** ********  ******* ** ***** **   ** **  ** ***** **  * ** ** ********  **
GAAAATTCCTATGGGAGTGGGCCTCAGCCCGTTTCTCCTGGCTCAGTTTACTAGTGCCATTTGTTCAGTGGTTCGCCGGG
               g                     t                                     ta


       730       740       750       760       770       780       790       800
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** *** ** **  * *** *  * **  **** ******** *****  * *   **   *  ** *** *  *  **
CTTTCCCCCACTGTCTGGCTTTCAGTTATATGGATGATGTGGTATTGGGGGCCAAGTCTGTACAACATCTTGAGTCCCTT
          t   t                                     g gaa          c      g


       810       820       830       840
....:....|....:....|....:....|....:....|....:.
*  **  **   ** ***** **  *  ** **** **  *  * *
TATACCtCTGTTACCAATTTTCTTTTGTCTTTGGGTATACATTTAA
     tg                 c          c      c g