HBVdb::Dataset - Hepatitis B Virus Database

Dataset for nucleotide sequence PreS1 of genotype E

[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]

        10        20        30        40        50        60        70        80
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**     **  *        ** *          *** *  ***               *     **     * *****
ATGGGGCTTTCTTGGACGGTCCCTCTCGAATG---GGGGAAGAATCATTCCACCACCAATCCTCTGGGATTTTTTCCCGA
     a     g     a        a   -- tg      a     g  t   t a      t


        90       100       110       120       130       140       150       160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** **** *** ** *  ***   ** **  *        * ** *****    ** **        *  * **
CCACCAGTTGGATCCAGCATTCAGAGCAAACACCAGAAATCCAGATTGGGACCACAATCCCAACAAAGACCACTGGACaG
   t              g   ca   g  t   cac              t t        c      t       ag


       170       180       190       200       210       220       230       240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
     * * **** *****  *  * *   *  * **     *  *    ** *      *  * **        * *
AAGCCAACAAGGTAGGAGTGGGAGCATTCGGGCCgGGGTTCACTCCCCCACACGGAGGCCTTTTGGGGTGGAGCCCTCAG
cc                    t     t     t   c t        g            c    a c   t
                                  a

       250       260       270       280       290       300       310       320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
      **               *            **             *   *           *     *    **
GCTCAAGGCATGCTAAAAACATTGCCAGCAGATCCGCCTCCTGCCTCCACCAATCGGCAGTCAGGAAGGCAGCCTACCCC
            tagcct tgg     a  a             t              a
                    c

       330       340       350       360       370       380       390       400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
  * **       **  * *     *     *      *     **            ** *   *   **  *
AATCACTCCACCTTTGAGAGACACTCATCCTCAGGCCATGCAGTGGAATTCCACAACaTTCCACCAAGCTCTGCAGGATC
c                      g            g a  a       a  a g t  t      a    a  aa
                        c

       410       420       430       440       450       460       470       480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*                        * *******     **  *  *        *  * **      * *  *  * *
CCAGAGTAAGAGGCCTGTATtTTCCTGCTGGTGGCTCCAGTTCCGGAACAGTGAACCCTGTTCCGACTACTGCCTCaCTC
   a   g a----------c--                             a g                 t   t
          g at     g-cc

       490       500       510       520       530       540       550       560
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   **  ***    *   * *  *** *     *        ** *         * **      **     **** **
ATCTCGTCAATCTTCTCGAGGATTGGGGACCCTGCACCGAACATGGAAaGCATCACATCAGGATTCCTAGGACCCCTGCT
  a                            t               gga   t
                                               c

       570       580       590       600       610       620       630       640
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*   **   *  **   *** *  * * * ** ** ***   *** **  *** **  ***  * **** *****   *
CGTGTTACAGGCGGGGTTTTTCTTGTTGACAAAAATCCTCACAATACCGCAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTCA
   a           a    c


       650       660       670       680       690       700       710       720
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   **  *****      * *  *    ***** ** **  * *  ** ** *  *  ***** ** *   ***   **
ATTTTCTAGGGGGAGCTCCCGTGTGTCTTGGCCAAAATTCGCAGTCCCCAAcCTCCAaTCACTCACCAACCTCTTGTCCT
g           a t            g           t           t     g        t
                           c

       730       740       750       760       770       780       790       800
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
      ** * **     *  * ****   *  *** ** **    * * *  ** ***** * ** * ***** ****
CCAATTTGTCCTGGCTATCGCTGGATGTGTCTGCGGCGTTTTATCATCTTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGCCTCATCTT
  g c         t     t                          a


       810       820       830       840       850       860       870       880
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
** *  **  **** ** ** **   * ** **** **  *** * *     **  ** *  * *  *  *     **
CTTGTTGGTTCTTCTGGACTATCAAGGTATGTTGCCCGTTTGTCCTCTAATTCCAGGATCATCAACCACCAGTACGGGAC
                        c                        c          c           c


       890       900       910       920       930       940       950       960
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
      *  * * *** **    * *      * ****      ***  **  **  *   * *  *    *    ***
CCTGCCGAACCTGCACGACTCTTGCTCAAGGAACCTCTATGTTTCCCTCATGTTGCTGTTCAAAACCTTCGGACGGAAAT
    ta               c       a         c            c       t            aa


       970       980       990      1000      1010      1020      1030      1040
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
  * *   **  * ****** ** ** * ** *** * * * * ********  ******* ** ***** **   ** *
TGCACTTGTATTCCCATCCCATCATCATGGGCTTTCGGAAAATTCCTATGGGAGTGGGCCTCAGCCCGTTTCTCCTGGCT
                                                    g                     t


      1050      1060      1070      1080      1090      1100      1110      1120
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*  ** ***** **  * ** ** ********  **  ** *** ** **  * *** *  * **  **** ********
CAGTTTACTAGTGCCATTTGTTCAGTGGTTCGCCGGGCTTTCCCCCACTGTCTGGCTTTCAGTTATATGGATGATGTGGT
                                ta             t   t


      1130      1140      1150      1160      1170      1180      1190      1200
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*****  * *    *   *  ** **  *  *  ***  **  **   ** ***** **  *  ** **** **  *
ATTGGGGGCCAAGTCTGTACAACATCTTGAGTCCCTTTATACCtCTGTTACCAATTTTCTTTTGTCTTTGGGTATACATT
         g gaa          c      g          tg                 c          c      c



...
* *
TAA
g