HBVdb::Dataset - Hepatitis B Virus Database

Dataset for nucleotide sequence PreS1 of genotype E

[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]

        10        20        30        40        50        60        70        80
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                   *        **            *** *   **                     **
A-------TGGGGCTTTCTTGGACGGTCCCTCTCGAATG---GGGGAAGAATCATTCCACCACCAATCCTCTGGGATTTT
tggggc ------    g     a        a   -- tg      a     g  t   t        t       c
            a


        90       100       110       120       130       140       150       160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* **  * *  ****  ** ** *  ***   ** **  *          ** *****    ** **        *  *
TTCCCGACCACCAGTTGGATCCAGCaTTCAGAGCAAACACCAGAAATCCAGATTGGGACCACAATCCCAACAAAGACCAC
       t  t              g   ca      t    ac              tat        c      t
                         c


       170       180       190       200       210       220       230       240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**          * * **** *****  *  * *   *    *         *    ** *      *  * **
TGGACaGAAGCCAACAAGGTAGGAGTGGGAGCATTcGGGCCgGGGTTCACTCCCCCACACGGAGGCCTTTTGGGGTGGAG
     g cc                    t     t     t   c t        c            c    a c
                             g           a              t
                                                        g

       250       260       270       280       290       300       310       320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
    *        **                             *             *   *           *
CCCTCAGGCTCAAGGCATGCTAAaAACATTGCCAGCAGATCCGCCTCCTGCCTCCACCAATCGGCAGTCAGGAAGGCAGC
t                c tagcc  tgg     a  a             t              a
                           c


       330       340       350       360       370       380       390       400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*    **  *  *        *  * *     *     *            **            ** *
CTACCCCAATCACTCCACCTTTGAGAGACACTCATCCTCAGGCCATGCAGTGGAATTCCACAACaTTCCACCAAGCTCTG
    t  gc                      g           ag    a       a  agg t  t   a  a    a
                               c


       410       420       430       440       450       460       470       480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                                 * ******      **  *  *        *  * **      * *
CAGGATCCCAGAGTAAGAGGCCTGTATtTTCCTGCTGGTGGCTCCAGTTCCGGAACAGTgAACCCTGTTCCGACTACTGC
  a       a     a----------c--                             a g                 t
                 g at      -cc


       490       500       510       520       530       540       550       560
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*  * *   **  **     *   * *  *** *     *        ** *         * **      **     *
CTCaCTCATCTCGTCAATCTTCTCGAGGATTGGGGACCCTGCACCGAACATGGAAaGCATCACATCAGGATTCCTAGGAC
   t     a                            t               gga   t



       570       580       590       600       610       620       630       640
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***  *     **   *  **   ***    * * * **  * * *   *** **   **  *   **  * **** * *
CCCTGCTCGTGTTACAGGCGGGGTTTTTCTTGTTGACAAAAATCCTCACAATACCGCAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACT
          a           a    c



       650       660       670       680       690       700       710       720
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***       **  * * *        *  *    *** * ** **  * *  ** ** *  *  *   * ** *   *
TCTCTCAATTTTCTAGGGGGAGCTCCCGTGTGTCTTGGCCAAAATTCGCAGTCCCCAAcCTCCAaTCACTCACCAACCTC
       g           a t            g           t           t     g              t
                                  c


       730       740       750       760       770       780       790       800
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
    **       ** * **     *  * ****   *  *** *  **    * * *   * ***** * *  * ****
TTGTCCTCCAATTTGTCCTGGCTATCGCTGGATGTGTCTGCGGCGTTTTATCATCTTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGCC
         g cc        t     t                          a



       810       820       830       840       850       860       870       880
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* * ** ** *  **  ** * ** ** **   * **  *** **  *** * *     **  ** *  * *  *  *
TCATCTTCTTGTTGGTTCTTCTGGACTATCAAGGTATGTTGCCCGTTTGTCCTCTAATTCCAGGATCATCAACCACCAGT
                               c                        c        a c           c



       890       900       910       920       930       940       950       960
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   **        *  * * **  **    * *      ******      ***  **  **  *   * *  *    *
ACGGGACCCTGCCGAACCTGCACGACTCTTGCTCAAGGAACCTCTATGTTTCCCTCATGTTGCTGTTCAAAACCTTCGGA
           ta               c       a                              t



       970       980       990      1000      1010      1020      1030      1040
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   ***   * *   **  * ****** ** **       **     * * ********   ***  * ** ***** **
CGGAAATTGCACTTGTATTCCCATCCCATCATCATGGGCTTTCGGAAAATTCCTATGGGAGTGGGCCTCAGCCCGTTTCT
                                                           g



      1050      1060      1070      1080      1090      1100      1110      1120
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
    * **  ** ** *  **  * ** **   *  ***  *    *  ** ** **  * *** *    **  **** *
CCTGGCTCAGTTTACTAGTGCCATTTGTTCAGTGGTTCGCCGGGCTTTCCCCCACTGTCTGGCTTTCAGTTATATGGATG
t                    c                t              t   t       t



      1130      1140      1150      1160      1170      1180      1190      1200
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*******  ****  * *    *   *  ** **  *  *  ***   *  *     * ***** **  *  *  ****
ATGTGGTATTGGGGGCCAAGTCTGTACAACATCTTGAGTCCCTTTATACCTCTGTTACCAATTTTCTTTTGTCTTTGGGT
                g  aa                             g    g                       c
                                                                               -


      1210
....:....|

ATACATTTAA
------c-g-
      - -