HBVdb::Dataset - Hepatitis B Virus Database

Dataset for nucleotide sequence PreS2 of genotype A

[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]

        10        20        30        40        50        60        70        80
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                                                                        **    *
ATGCAGTGGAATTCCACtGCcTTCCACCAAGCTCTGCAgGATCCCAGAGTCAGGGGtCTGTATtTTCCTGCTGGTGGCTC
gca  a  c cc g   aaat  t  tag a g  a  a  c    ag  a a   c      c c
           a


        90       100       110       120       130       140       150       160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   *               *  *                 *                            *      *
CAGTTCAGGAACAgTaAACCCTGcTCCgAATATTGCCTCTCACATCTCGTCAATCTCCgCGAGGACTGGGGACCCTGtga
  a     a  t cac       t   a c  c  ta        a  a    c    t   c  t           cac
                           c                                  a               tt
                                                                               g

       170       180       190       200       210       220       230       240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                            *                    **  *           * *     ** * **
CGAACATGGAGAACATCACATCAGGATTCCTAGGACCCCTGCTCGTGTTACAGGCGGGGTTTTTCTTGTTGACAAGAATC
ta c                      c     a                              c           a



       250       260       270       280       290       300       310       320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*      *               *  *         *    *                              ** *
CTCACAATACCGCAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTCAATTTTCTAGGGGGatCACCCGTGTGTCTTGGCCAAAA
           a                               g           acc t          g
                                                        gg


       330       340       350       360       370       380       390       400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*  **    *** *    **  * **  *  *      *  * *  *   *   * * *  *      **     ** *
TTCGCAGTCCCCAACCTCCAATCACTCACCAACCTCCTGTCCTCCAATTTGTCCTGGTTATCGCTGGATGTGTCTGCGGC
                                    t          c         c     t



       410       420       430       440       450       460       470       480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
  * *  **    *  ** *            *   * * *                    **  *
GTTTTATCATATTCCTCTTCATCCTGC---TGCTATGCCTCATCTTCTTATTGGTTCTTCTGGATTAtCAAGGTATGTTG
                                                 g     a  g     c gc  g



       490       500       510       520       530       540       550       560
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                    *                                          * **           *
CCCGTTTGTCCTCTAATTCCAGGATCaAC------AACAACCAGtACGGGACCaTGCAaAACCTGCACGACTCCTGCTCA
                          cg          c  g  c      a c    gg
                          t


       570       580       590       600       610       620       630       640
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
    *   **      *  **        *            **     *    *             *
AGGCAACTCTATGTTTCCCTCATGTTGCTGTACAAAACCTACGGAtGGAAATTGCACCTGTATTCCCATCCCATCgTCcT
     c     c a       c     t             t   c           t                 a  t
                                                                              a


       650       660       670       680       690       700       710       720
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
       *      * * ** ***     * *  **      **         *     *        *     *
GGGCTTTCGCAAAATACCTATGGGAGTGGGCCTCAGTCCGTTTCTCtTGGCTCAGTTTACTAGTGCCATTTGTTCAGTGG
               t        g           c         a
                                              c


       730       740       750       760       770       780       790       800
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**               *           *  *         * *            *  *             *  *
TTCGTAGGGCTTTCCCCCACTGTTTGGCTTTCAGcTATaTGGATGATGTGGTAtTGGGGGCCAAGTCTGTACAgCATCgT
    c              t   c       t  t   g    c   a t  tc          aa   cg  a  c t
                                               t c                    t


       810       820       830       840       850
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:

GAGtCCCTTTATACCGCTGTTACCAATTTTCTTTTGTCTcTGGGTATACATTTAA
  ag      t       a    t           t   t    c      c