HBVdb::Dataset - Hepatitis B Virus Database

Dataset for nucleotide sequence P of genotype A

[Download (right click)] [Download Frequencies (right click)] [Sequences] [Alignment]

        10        20        30        40        50        60        70        80
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* ** ****** ****      ***  *      * **  * **                    *     *     * *
ATGCCCCTATCTTATCAACACTTCCGGAAACTACTGTTGTTAGACGACGgGACCGA---GGCAGGTCCCCTAGAAGAAGA
                         t      g     a     tata a g a     c tc              c



        90       100       110       120       130       140       150       160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* **  *  *  **   *           ** **   **       * *   *  *  *          *    * *
ACTCCCTCGCCTCGCAGACGcAGATCTCAATCGCCGCGTCGCAGAAGATCTCAATCTCGGGAATCTCAATGTTAGTATTC
                    a           a                              c c



       170       180       190       200       210       220       230       240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* ** ** *     *  ** *        ** ** ** **           *    *   *       ***      **
CTTGGACTCATAAGGTGGGAAAcTTtACtGGGCTTTATTCcTCTACaGTaCCTATCTTTAATCCTGAATGGCAAACTCCT
                      t  c  g  a  c  c  t   t t  c   gat     c  c  t     g  c  c
                                                 g    g            c
                                                 t

       250       260       270       280       290       300       310       320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   ** *     ** *   *    *  *   *          **  *    *     **  *           * ** *
TCcTTTCCTAAgATTCATTTACAaGAgGACATTatTAATAGGTGTCAaCAATTTGTgGGCCCTCTcACTGTAAATGAAAA
  t     a  a  c        t  a  t   gccg c  a   g g     c  a  t     t  a c
        g              c         t                               a  c
                       g

       330       340       350       360       370       380       390       400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                 *   *** *   * *  *  *           *  **     *  *  * *   * **  *
gAGAAGAtTgAAATTAATTATGCCTGCTAGaTTcTATCCTAcCcaCACtAAATATTTgCCctTAGACAAAGGaATTAAAC
a  g   c a     g  c     c  c  g  t  c    atagt  c  g  cc a  tc gc t     g     g
                                                a        c  a


       410       420       430       440       450       460       470       480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   *  *                   ** *   *          ** **  *  * *  **  **       *  *  *
CTTATTATCCaGATCAgGTAGTTAATCATTACTTcCAaACCaGACATTATTTACATACTCTTTGGAAGGCTGGtATTCTA
          t  a  ta g           t  ta gg tc          g        c        g  gg c
                a                       a                    g           a
                c

       490       500       510       520       530       540       550       560
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*            *  *     *  * *        *   *    **     ******* *    *
TATAAGAGGGAAACcACACGTAGCGCaTCATTTTGCGGGTCACCATATTCTTGGGAACAAGAGCTACAgCATGGGAGGTT
      c a   t t  t        c     c  t              c                 t   --------
                          t


       570       580       590       600       610       620       630       640
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
              *          * *    **             *  *    **  *   *  **   *   *  *
GGTCAtCaAAACCTCGCAAAGGCATGGGGACGAAtCTTTCTGTTCCCAAcCCTCTGGGATTCTTTCCCGATCATCAGTTG
--at-c-c cg                       c  a     c  a  t  g         c             a
  -- g -                             g
     - g

       650       660       670       680       690       700       710       720
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*     *  **    *   *  *          **  ** *    **       *        **             *
GACCCTGCATTCGGAGCCAAcTCAAACAATCCAGATTGGGACTTCAACCCCATCAAGGACCACTGGCCAgcAGCCAAcCA
  t  g              t              c           t a gc   a  t  t      ca      t
     c                                                               a


       730       740       750       760       770       780       790       800
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
  *       *         * **  *     * ** **    **  *       *           **  *
GGTAGGAGTGGGAGCATTCGGGCCAGGGcTCACcCCtCCACACGGcGGTaTTTTGGGGTGGAGCCCTCAGGCTCAGGGCA
   g              t  c      t    t  c        a   g cc



       810       820       830       840       850       860       870       880
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                                *       ** *
TATTGaCcACAGTGtCAaCAaTTCCTCCTCCTGCCTCCACCAATCGGCAGTCAGGAAGGCAGCCTACTCCCATCTCTCCA
cgc  g tc tt  c ggt g g     ca        g           c       a     c  a     t
       a                                          a


       890       900       910       920       930       940       950       960
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|

CCTCTAA------GAGACAGTCATCCTCAGGCCATGCAGTGGAATTCCACtGCcTTCCACCAAGCTCTGCAgGATCCCAG
                    c           agcaa      cc     aa t  t  t   a g  aa a  c    a



       970       980       990      1000      1010      1020      1030      1040
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                      *  **    * *  **             ** **          *   *  * *
AGTCAGGGGtCTGTATtTTCCTGCTGGTGGCTCCAGTTCAGGAACAgTaAACCCTGcTCCgAATATTGCCTCTCACATCT
g    a   c      c c                         t c c       t  aa c  c  ta        a
                                              t             c


      1050      1060      1070      1080      1090      1100      1110      1120
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
        *     * *   * ** *  **              *       **       *      * **  *
CGTCAATCTCCgCGAGGACTGGGGACCCTGtgaCGAACATGGAGAACATCACATCAGGATTCCTAGGACCCCTGCTCGTG
      c    t   c  t           cacta c                      c     a
                               tt
                                g

      1130      1140      1150      1160      1170      1180      1190      1200
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* **  * *   * **  * **    ** * ***  * ***     ***   *   ** ** **    **    *
TTACAGGCGGGGTTTTTCTTGTTGACAAGAATCCTCACAATACCGCAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTCAATTT
                c           a               a                               g



      1210      1220      1230      1240      1250      1260      1270      1280
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                * ***   *** ***  *****    ******   ** ***** ** ***        *
TCTAGGGGGatCACCCGTGTGTCTTGGCCAAAATTCGCAGTCCCCAACCTCCAATCACTCACCAACCTCCTGTCCTCCAA
        acc ta         g                                             t
         gg


      1290      1300      1310      1320      1330      1340      1350      1360
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   **  *** * **    ***      *   * ** *  **  * ***** ** *** *    ** *** *  *  *
TTTGTCCTGGTTATCGCTGGATGTGTCTGCGGCGTTTTATCATATTCCTCTTCATCCTGCT---GCTATGCCTCATCTTC
c         c     t



      1370      1380      1390      1400      1410      1420      1430      1440
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
   * **       *       *   *              *           * **         *     **
TTATTGGTTCTTCTGGATTATCAAGGTATGTTGCCCGTTTGTCCTCTAATTCCAGGATCaACAACAACCAGtACGGGACC
  g     a  g     c gc  g                                 a c     c     c      a



      1450      1460      1470      1480      1490      1500      1510      1520
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
       *  * **        ** *     *   ***     ** ** ** ** ***     *  *  **  *  *
aTGCAAAACCTGCACGACTCCTGCTCAAGGCAACTCTATGTTTCCCTCATGTTGCTGTACAAAACCTACGGAtGGAAATT
c    gg                                         c     t     c       t   c



      1530      1540      1550      1560      1570      1580      1590      1600
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**** * *       ****    ** ***  ** *  **  * * ** ***  *  * *  ** *    **        *
GCACCTGTATTCCCATCCCATCgTCcTGGGCTTTCGCAAAATACCTATGGGAGTGGGCCTCAGTCCGTTTCTCtTGGCTC
    t                 a  t                t        gc          c         a
                                                                         c


      1610      1620      1630      1640      1650      1660      1670      1680
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
* *   ** *   * * *  **  *  *    *        ** *      * *  *  *   *     * **     *
AGTTTACTAGTGCCATTTGTTCAGTGGTTCGTAGGGCTTTCCCCCACTGTTTGGCTTTCAGcTATaTGGATGATGTGGTA
                               c   c              c       t  t   g        a c  t



      1690      1700      1710      1720      1730      1740      1750      1760
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
    *  *                           *          *     ***** *        ****  * **  *
tTGGGGGCCAAGTCTGTACAgCATCgTGAGtCCCTTTATACCGCTGTTACCAATTTTCTTTTGTCTcTGGGTATACATTT
c          aa   c   a  c t   ag      t            t               t    c      c



      1770      1780      1790      1800      1810      1820      1830      1840
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*        ** *         **** **     *         **   *    ***      ****      * **
AAACCCTAACAAAACAAAaAGATGGGGTTATTCCCTAAAcTTCATGGGtTAcaTAATTGGAAGTTGGGGaACaTTGCCAC
   t           t  g        c  c     gc t  t     a  tg       c        tt tc a
               c                    t           g                    g  g
                                                c

      1850      1860      1870      1880      1890      1900      1910      1920
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*    *  *        *   * *     **  *          **  *  *     *    ** ****     ** **
AgGATCATATTGTACAAAAgATCAAACACTGTTTTAGAAAACTTCCTGTtAAcaGgCCTATTGATTGGAAAGTATGTCAa
a         a g     ac     agt     cc g     g  ca c  tc a   g c           g     g
                          t a                    a                       c
                          g                      g

      1930      1940      1950      1960      1970      1980      1990      2000
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
    * *   *  *    *   * *      * *   * *  *  *  ** ** **    *  **  * **  *    **
AGaATTGTGGGTCTTTTGGGCTTTGCtGCtCCATTTACACAATGTGGaTAtCCTGCcTTAATGCCTTTGTATGCATGTAT
c g     a           a  c  c  a  c  c           t  c  g  a        cc a
                          a  c  t              g        t


      2010      2020      2030      2040      2050      2060      2070      2080
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
**  * *      * *        **       *      ** *  *          **
ACAAGCtAAACAGGCTTTcACTTTCTCGCCAACTTACAAGGCCTTTCTAAGTAAACAGTAcATGAACCTTTACCCCGTTG
   g  g gg        t     t                       gca ccc  a  tc  g
      a


      2090      2100      2110      2120      2130      2140      2150      2160
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                                                                          *   **
CtCGGCAACGGCCTGGTCTGTGCCAAGTGTTTGCTGACGCAACCCCCACTGGCTGGGGCTTGGCcATaGGCCATCAGCGC
c         t       a        a        t     t     g  t           t  c  a
                   t                                            g  t


      2170      2180      2190      2200      2210      2220      2230      2240
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*                            ** ***   *   *    *
ATGCGTGGAACCTTTGTGGCTCCTCTGCCGATCCATACTGCGGAACTCCTAGCcGCTTGTTTTGCTCGCAGCCGGTCTGG
     c                                               t  c     c         a
                                                     a


      2250      2260      2270      2280      2290      2300      2310      2320
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
                                                                    *  *  **  *
AGCAAAgCTCATcGGaACTGAcAATTCTGTCGTCCTcTCgCGGAAATATACATCgTTTCCATGGCTGCTAGGcTGTACTG
g  g ca     a  g     t           t  t  t           c  a                 t   g
     gc     t  c                                      c                 g
                                                      t

      2330      2340      2350      2360      2370      2380      2390      2400
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
***   *** ** *   * **                   **     * ****   *  *  * ** **       *
CCAACTGGATcCTTCGCGGGACGTCCTTTGTTTACGTCCCGTCGGCGCTGAATCCCGCGGACGACCCCTCtCGgGGCCGC
          t        a           c     t     a           t           t  ga a  t
          a                                                           a  c
                                                                      c

      2410      2420      2430      2440      2450      2460      2470      2480
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
       * *  *  **                                                       * ***
TTGGGaCTCTcTCGTCCCCTTCTCCGTCTGCCGTtCCagCCGACCACGGGGCGCACCTCTCTTTACGCGGTCTCCCCGTC
     ga g a                       at gt   t                           a
     c                                a
     t

      2490      2500      2510      2520      2530      2540      2550
....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|....:....|
*  **    *  *   **                    ***  *
TGTGCCTTCTCATCTGCCGGtCCGTGTGCACTTCGCTTCACCTCTGCACGTTGCATGGAGACCACCGTGA
            c       a              a                      ca